第一、審級制度如何構建
司法改革中最招議論的事審級制度的改變。究竟上訴審是維持現行法制的「覆審制」，還是要變更為「續審制」？採二審加上一個「大法庭」；還是三審之上加一個「憲法法庭」？究竟要採一元單軌、一元多軌還是多元多軌？這些名詞的意義大家還沒弄清楚，司法院組織法的立法程序，卻要迫不及待地上場了。
民國八十八年為了落實司法改革，召開了所謂全國司法改革會議。當時並未普遍徵詢各界意見，僅邀集與會代表一百二十名。其中尚有多位行政人員代表、媒體代表及商業代表十餘人均非法律專長之人員。法學界及司法人員代表之遴定毫無定準，又欠缺代表性，完全無法代表法界之共同看法。當時對司法院的定位，意見極為分歧。司法院擬訂五案，討論中贊成甲案之發言有十一人，贊成乙案者亦為十一人，一人主張戊案。贊成甲案之發言中有六人尚主張應有修訂訴訟法規適度之過渡期間。
由民國八十八年至今雖有司法院組織法草案之擬定，但並未充分告知社會大眾與法界人員。目前社會對此法案之了解程度極低，甚至連法學界亦絕大多數不明瞭修法之內容。簡言之，司法院的草案想將目前訴訟三級制改為二級制，而國民黨提出的對案卻是將原有的三級之上加一個憲法法院成為四級。司法同仁對法院組織層級之改變反彈激烈。立法之內容在極度欠缺社會認同與接受之狀況下，匆促立法將造成社會之重大災難。
依司法院版草案第十三條之規劃，必須完成民、刑及行政三個訴訟法之修正，大量限縮上訴三審之案件量，方始能賴以遂行。如今，三個訴訟法之修正尚待著手努力，而第三審已在司法院版草案中遽遭廢除。司法改革固應該以簡化司法程序為思考，然司法院版草案中竟在最高法院廢除後又在民事訴訟、刑事訴訟、行政訴訟及懲戒庭各庭之上創出「大法庭」及「聯合大法庭」，令人目眩。
司法院版草案與其他配套法案並未同步規劃，時程參差，且內容相齟齬。檢察官是否為法官？法官訓練所為何隸屬法務部？行政體系文官之職階是否適用於法官？至今司法院都無法與法務部或銓敘部取得協調。牽涉法官法與法院組織法之修法，均未有進一步之準備。法官法草案目前有多個版本，是否採職務法庭
尚未定案，司法院版草案第四十八條即已否定，而規劃人事審議委員會。
第二、釋憲機關如何定位
對釋憲機構之組織型態至目前司法界仍無定見，遑論共識。以司法院說帖觀，日後之釋憲將走向「釋憲審判化」；然絕大多數之大法官均存心「釋憲立法化」。大法官在最近之釋字601及585均明顯地以解釋行立法之實，甚至創造我國法制原先所未有之制度，如急速處分與立法院之調查權。國民黨版亦以釋字183、188為藍本，與司法院說帖之意旨相扞格，且有第四審之顧慮。司法院雖聲稱以釋憲審判化為改革方案，然觀司法院版草案第七條顯非以個案方式提交審理。司法院大法官自身都缺乏共識之狀況下，貿爾立法顯然不妥。
司法院說帖以釋憲機構走向釋憲審判化，也就是以個案審理的方式進行。但在大法官審理案件法修正案中，仍然不以有他造當事人為必要。案件既然不一定要有他造當事人，那麼又如何成立個案，實滋疑問。
第三、落實當事人進行主義
司法院翁院長在八十八年三月二十九日，以「迎接新世紀的挑戰，加速改革司法」為文題，指陳「司法公信力不能建立。原因在司法改革多非以人民觀點及訴訟當事人的權益為取向，人民感受不到司法的進步。」司法院因而訂定了具體方案，並在網際網路公布了具體革新措施及列管事項。為求實現司法為民的理念，配合刑事訴訟法第一五四條「無罪推定」原則，乃有刑事訴訟法第一六一條及第一六三條修訂之擬議，以保障被告基本人權。沒有「當事人進行主義」的配合運用，「無罪推定」是無法運作的。配合「無罪推定」增修「當事人進行主義」相關條文，司法院早於八十九年二月以秘台廳刑一字第三七六九號函送行政院，徵求意見，且為求周延並集思廣益，也已向學術界、律師界諮商，整合完成相關意見，且與法務部協商取得共識，修法之方向因而底定，受到社會一致好評。
然而行政院為了護衛既有的「威權」統治，在法務部積極遊說壓力下，民進黨立院黨團將「當事人進行主義」的修正方向，中華民國九十一年二月八日修訂之刑事訴訟法又回復到「職權進行主義」的原點。枉顧民間對司法革新期盼之殷，出爾反爾，不能堅定支持司法革新，實在令人失望。
法官之職守在聽訟，一由檢察官與被告互為攻防。拉丁法諺有云「法院是沉默的。」意思除了法院除發布判決，不對外發表意見外，法官同時在法庭上不主動提問。法官除維持法庭之秩序，完全居於「聽訟」之超然地位。目前刑事訴訟法雖朝向當事人進行之交互詰問，但刑事訴訟法第一六三條規定法院得依職權調查證據，如此還有什麼當事人進行之原則之可言？
武器對等是交互詰問制度的基本精神。檢察官提起公訴時，應僅向法院提出一份記載被告人別資料、犯罪事實及所犯法條之起訴書，相關卷證資料均不隨起訴書送審，以免審判者先入為主；俟法院公開審理時，始由檢察官將證據資料呈庭，由檢、辯雙方在公開法庭中互為攻防及辯論。起訴狀一本主義之採行是詰問制度的基礎。刑事訴訟就此部分言，尚待努力修法。。
第四、限制起訴比例之不當
刑事訴訟法修改為詰問制度之後，由於人力不足，對新制訓練不夠，院、檢、辯三方均在逃避新制，各出奇招。。各地檢署計劃將平常四成以上的起訴率，降至收案的百分之十。高等法院準備僅對前審未提出之新證據，作交互詰問。律師更絕大比例地抵制新制。如何落實新制，保護訴訟當事人的權益，令人憂心。
對檢察官的不起訴處分，在制度上還可以提出再議，但依刑事訴訟法二百五十八條認有理由，撤銷原處分續行偵查的可能性通常不高。固然刑事訴訟法二百五十八條之一規定告訴人不服駁回告訴之處分還可以委任律師提出理由狀，向法院聲請交付審判。但是對此一新制，法院尚未從大量成案中顯示態度，仍有待觀察。
孔子曾說「無釋罪人，則民不惑。」德國法學權威耶林（Rudolf von Ihering, 1818-1892）曾說「勿為不法固然可嘉，勿寬容不法尤為可貴。」如今為了無法應付交互詰問，準備大量降低起訴比率，削足適履實在不是踐行法制的正當作法。
在「訟則凶」傳統思想之下，多數民眾若不是受到極大傷害或不平，是不輕易告官的。然而受有冤屈向檢察官提出告訴時，卻因為訴訟新制需要檢方極多人力，便被檢方輕易地駁回告訴。這種有冤無處訴的苦楚，豈是依各講求公義的社會應有的現象？司法是社會最後一道防線。但是司法制度若不能維繫人民對正義的需求時，這道防線終究是會崩解的。社會民眾若是有冤也訴不成時，社會就真要亂了。
第五、參審制試行之商榷
戒嚴時期社會上之政治反對團體因對司法立場之不信任，而有陪審之議。事實上，陪審早為各國司法制度所漸次摒棄，美國約僅不到三分之一的刑事案件採用陪審，而民事案件採用陪審之機率更微。又陪審之設牽連訴訟法範圍太大，故而又有參審制之研議。
參審制原先之擬議，期望建立在刑事案件冀對司法公信有所助益。但在各方反應不佳之情形下，又考慮不僅限於刑事案件，以專家參審的方式補民事訴訟及行政訴訟中法官對專業知識之不足。由於對參審制之意見紛歧，為增進法院於裁判上認事用法之適當性，保護訴訟當事人之利益，提升國民對司法之信賴，司法院乃訂定發布「專家諮詢要點」由法律以外專業知識之專家，就其專業領域提供專業意見，供法官參考。
目前所見到隻字片語的「專家參審試行條例」大約是由當事人聲請而發動。既然專家參審對被告利害互見，一案件中有人主張參審，有人不主張參審，卻無法說明為何其效力及於其他被告。參審之「平民」著法官制服、任期四年、榮譽職，不經國家考試取得資格，但何以稱參審官？參審之設，事實上並不比陪審簡單。首先，必須為設參審而修憲。我國憲法八十條明文規定由法官獨立審判，若增加平民參審必須給予憲法上依據。其次，平民參審必須改變證據法則。目前刑事訴訟法之證據法則是為職業法官而設，有關證據能力之規定較為寬泛，若由平民參審則必對證據能力作詳細而嚴格之訂定，否則對當事人之權益將發生重大不利之影響。平民參加，故而不可能要求平民法官長期牽涉審判，故而集中審理勢在必行。要有集中審理，必須有預審制度。改變依然不小，若非集中審理經相當時日，進入正軌，實不宜貿然嘗試。
實際上，參審制之存在對於司法公信力之建立作用極小，不如將用心移到其他現存制度之切實執行。
第六、 當事人進行主義必須與律師訴訟主義並行
各界對審理程序中當事人進行主義之採行，似已迨無爭議。此一方式有助於建立法官中立，但應與律師強制代理制並行。我國訴訟法對於律師之參與採取任意的態度。事實上，只要熟知司法實務之人莫不明瞭，在訴訟進行過程中沒有律師代為處理，將因未受專業訓練而處於不利狀態。我國對於律師之參與採取任意的制度，名為便民，實為罔民。採行律師訴訟主義強制律師參與訴訟，是司法革新的第一步。
民事訴訟法改採集中審理與適時提出主義，但在未規範強制代理之狀況下，將嚴重侵害非法律專業當事人之權益。基本訴訟法則未為修正，而汲汲於審級之調整，有輕重緩急倒置之嫌。
當強制辯護及強制代理訴訟制度建立，必然增加對律師之需求。固然近年律師錄取人數大幅增加，但為防止律師未能善盡其責任，除律師倫理與風紀之要求外，建立律師對當事人委託案件之過失責任(Malpractice)，應是必要之設。強制代理訴訟之制度建立後，為避免濫行訴訟，則必需將律師費用由敗訴一方負責。藉以保障無辜被告因訴訟所生金錢損失。目前所行「法律扶助」制度，在實行上效果不彰，應該進行檢討改進。
第七、
專家證人之引入
現行訴訟法中只有鑑定人而無專家證人。鑑定人乃指就鑑定事項有特別知識經驗者。鑑定人由審判長、受命法官或檢察官選任。證人係以其親身之經歷或見聞為證據之方法，個人意見或推測之詞原則上不得作為證據。若法院或檢察官未同意選任鑑定人，當事人非尋求具有專家意見之證詞，不足以支持其主張時，實有建立專家證人制度之必要。目前，在審理過程中，遇有專家證人之需求時，每以鑑定人之方式權充。鑑定人應為客觀中性之專家，然而卻產生了「敵性」鑑定人與「友性」鑑定人的怪異現象。
第八、庭訊筆錄之改進
書記官原應本於其職務為獨立紀錄，不受法官之指揮，然目前幾乎全由法官交代書記官打字，與制度上審判者與紀錄者分屬且獨立扮演各自角色相扞格。交互詰問採行之後，筆錄不及成為庭詢制度改良無法突破的瓶頸。被告或證人與鑑定人在庭所為之發言，應命就其始末連續陳述。實際上，因為等待書記官輸入電腦記錄，致使發言斷續，無法踐履訴訟法所要求的連續陳述。無論是應對法官詢問或交互詰問，在反覆思尋之後所為之答案與即時所作之回答，是顯然不同的。目前法院尚且要求被告或證人細繹書記官筆錄，允許一再更改，實是背離法庭訊問之基本原則。且為遷就筆錄之速度，每每庭詢進度緩慢，辯論程序延宕至次日凌晨者，亦時有所聞。
當庭錄音其後由書記官逐字記錄作成書面錄案，俟下一次庭期再作確認，如有爭執以勘驗錄音決之。日本法院乃由書記官摘記要點，速記員逐字記錄而無需簽字，亦大致類同，應可參採。
第九、被告人權之保護
為了保護人權，內政部九十一年八月統一製發黑色頭套用以遮蔽面目以保障嫌疑人，不過實施四個多月後，內政部長余政憲又宣布，廢棄此一制度。在此同時，新瑞都案被收押的蘇惠珍希望不穿看守所的囚衣出庭，遭到拒絕！看守所指出，所方收容人每次應訊時穿有編號的夾克，便於辨識，這個作法已行之有年。
查羈押法第二十一條明文規定「被告得自備衣類」。為何羈押中被告要穿塑膠拖鞋，著囚衣。夏季甚至僅著汗衫短褲，無非為了管理上的方便，但是可以容許管理的方便而犧牲人權嗎？羈押法實施細則，第十八條八款尚規定「解送被告時，應注意其身體及名譽，並依解送辦法之規定。」司法機關竟可以違反法令明文規定，漠視人權至此。
監獄行刑法第四十五條，「對於受刑人，應斟酌保健上之必要，給與飲食、物品，並供用衣被及其他必需器具。」監獄行刑法施行細則第六十五條，「受刑人之衣被鞋襪應用國產物品，並合於季節及保健之需要，其衣服顏色、式樣由監督機關統一訂定之。在處遇上有必要者，經監獄許可，受刑人得使用自備之衣被。受刑人之衣被，應適時洗濯曝晒。」均是著眼於保護被告人權之規定，然而目前，男性嫌疑人或被告更幾乎全被看守所剃成號稱「簡樸適度」髮型之光頭。歐美法庭常以希臘手執天平矇目的正義女神作為司法的象徵。其矇目的意義便在強調不能以嫌疑人之外表來判斷曲直。試想一個身著囚服足繫拖鞋，光個腦袋的被告，恁你有千個委屈也看似罪犯。因此，允許嫌疑人及被告有權正常衣著，是實踐公平客觀審判的必要條件。無罪推定乃是刑事審理的基本假定。在法院確定判決前，犯罪嫌疑人是不受不利的推定的，至少在法庭中面對法官時，享有如此的假定。
前些時報載法務部有意集體定作一批外套，給在押人犯出庭之用，聞之令人噴飯。集體制作之外套與囚衣之性質，到底差別在哪裡呢？
司法人權之侵害不僅頭套與囚衣之使用而已。刑事訴訟法中偵查中之嫌疑人即統稱被告，法界普遍認為不妥。目前重大案件的被告尤其是一審被判死刑的案件，被告幾乎都是紮腳鐐出庭，違反無罪推定刑事訴訟法第二八二條之明文規定；羈押法第五條規定，非有事實足認有暴行、逃亡或自殺之虞者，不得施用戒具，實務上幾乎不見聞問。但庭訊筆錄例稿照記「被告在庭身體未受拘束」，法院筆錄居然偽造文書實在令人驚詫。被告與辯護人礙於不敢觸怒法官，也極少有人願當庭質疑，但就司法尊嚴言，實在不應如此。最近司法院終於強力關切此事，被告紮腳鐐出庭，終於不再發生。
第十、 釐清審檢關係
早年一、二審法院與檢方同樣隸屬司法行政部，行政院組織法六十九年修正時則將司法行政部更名為法務部，並將一、二審法院回歸司法院統轄。然而，法官與檢察官仍然合稱司法人員，一併考試，一同受訓。雖然分發時各憑機運，相互間仍以「學長」相稱，情誼深重。在刑事審理程序中，審檢雙方幾乎站在同一陣線。需知審檢雙方不必聯手「懲治不法」；辯護人也並非「助紂為虐」。辯護人面臨偏向檢方之法官，為被告辯護之困難不想可知。尤其目前檢方以固定的檢察官「配置」專股法官，相互間培養之默契真不知對被告是福是禍。
司法院目前已成立司法人員研習所，應該積極提昇其功能，職司法官之養成與在職訓練。法務部之司法官訓練所應更名為檢察官訓練所，專責檢察官與檢察事務官之培訓。法官與檢察官之功能不同，專長各異，兩者混合集中培訓，殊為不妥。
法院應在檢察官起訴範圍內論罪科刑。除非另行起訴外，不應允許檢察官或法官在審判程序中，任意追加事實或變更法條。
依刑事訴訟法第三百條之規定，法院得就起訴之犯罪事實，變更檢察官所引應適用之法條，犯罪構成要件不同的犯罪在如此的制度下，實是對被告權利的侵奪。刑事訴訟法第九十五條規定訊問被告應先告知犯罪嫌疑及所犯所有罪名。罪名經告知後，認為應變更者，應再告知；依刑事訴訟法第二百六十五條之規定於第一審辯論終結前，檢察官尚得就與本案相牽連之犯罪，追加起訴。刑事訴訟法有關於變更追加之規定，旨在使被告得以充分行使防禦權，避免突擊裁判以確保被告權益。目前，在審理的實務上常見在檢察官論告中才變更法條，使被告無提證之機會，實際上仍是突擊裁判。
司法改革之核心應在法庭內的活動。大凡民眾牽涉訴訟案件，真正關心的是能否得到公平正確的判決與個人權益的保障。如何達此目的，應是司法改革的真正重心。至於在法庭中，是否給當事人一張座椅，對被告稱一聲先生小姐，與民眾所要求的公正司法是沒有絕對關聯的。至於法院的層級如何？統轄關係如何？都與民眾距離太遠。司法改革關心的司法威信，應該從民眾信賴法庭內的活動作起。至於政治力不應沾染司法，就無庸贅言了。我們固然欣喜第一家庭的第二代喜慶連連，但是看到由司法院長親臨證婚，又不免令人扼腕三嘆。
司法體制與組織結構上的改革，其相關法律包括司法院組織法、大法官審理案件法、法院組織法、法官法、檢察官法、刑事訴訟法、民事訴訟法、行政訴訟法等，牽涉廣泛。司法院應該將原則與方案一併提出。至少應將司法改革相關法律修法之目標與規劃之原則確立後，方進入個別法案之擬定與討論。司法改革固然各界期盼殷切，但總須經與法學界及司法實務界充分溝通達成共識後，並獲社會充分認知後，方能妥適立法。司法改革攸關全民權益，稍事更張，影響都非同小可。又不為任何個人爭取業績，急什麼？
